Nel 1846 con l'elezione a sommo pontefice di papa Pio IX, una fresca ventata di rinnovamento si affaccia anche sulla Chiesa e Rosmini decide di riprendere in mano il suo vecchio lavoro, nel novembre del 1847 lo rivede, rifonde completamente l'ultima piaga e ne fa una prima stampa a Lugano presso Veladini il 20 maggio 1848 senza nome dell'autore con l'intenzione di farla circolare tra gli amici.
Ma la cosa non rimase a lungo segreta. A sua insaputa la Société typographique di Bruxelles, sempre nel 1848 le pubblica a sua volta; l'anno successivo il 1849 fu la volta dell'editore Battelli di Napoli a pubblicarle. Il Veladini a Lugano vorrebbe ristamparle ma Rosmini vi si oppone, perché vuole prepararne una riedizione rivista con aggiunte e ritocchi chiarificatrici. La prepara su una copia dell'edizione Battelli, ma con l'intervenuta proibizione ecclesiastica, rimase inedita tra le sue carte. Sempre nel 1849 un'altra edizione venne pubblicata a Genova dall'editore Gordona.
Le note vicende che scossero l'Italia e la Chiesa nel 1848-1849, videro Rosmini tra i protagonisti prima nelle trattative tra il Regno di Sardegna e lo Stato della Chiesa per costituire una nuova Italia unita pur nel rispetto delle diversità, e poi nelle varie vicende romane di Pio IX e la sua fuga a Gaeta. Le sue proposte e consigli al papa, le sue aspirazioni nazionali e le sue dottrine liberali allarmarono la cancelleria austriaco che attraverso il suo ambasciatore presso la Santa Seda comunicava confidenzialmente al proprio primo ministro a Vienna che Rosmini a Roma era il più formidabile nemico dell'Austria e il "cattivo genio di Pio IX". Parallelamente una interpretazione dei contenuti delle Cinque piaghe che vi vedeva un'esortazione a fare una riforma radicale della Chiesa orientata, soprattutto con l'elezione dei vescovi a clero e popolo, verso un modello di governo simile alla forma "costituzionale" propugnata per gli stati italiani, inquietò la curia romana, soprattutto i cardinali più intransigenti ed austriacanti. Bisognava convincere Pio IX a non fidarsi del Rosmini ed allontanarlo. Si insinuò che nelle Cinque piaghe ci fossero dottrine erronee. La congregazione generale dell'Indice si riunì in fretta e furia a Napoli ed il 30 maggio 1849 condanno all'Indice dei libri proibiti le Cinque piaghe della santa Chiesa e La costituzione secondo la giustizia sociale. Inoltre nella condanna insieme alle due opere rominiane accomunò altri due libri: l'orazione Per i morti di Vienna di Gioacchino Ventura e Il Gesuita moderno di Vincenzo Gioberti. Era evidente il tipo di messaggio politico che si intendeva dare.
Pio IX ratificò la sentenza di condanna ma non la comunicò a Rosmini, il quale fu ancora alcune volte dal papa, ma si accorse che l'ambiente e l'animo del papa erano profondamente mutati. Alla metà del luglio 1849, dopo soprusi e angherie d'ogni genere della polizia borbonica, che non agiva di proprio capriccio, lasciò Napoli e iniziò il suo ritorno attraverso l'Italia fino a Stresa. Durante il viaggio, mentre era ospite del card. Tosti ad Albano, il 13 agosto 1849 ricevette una lettera dal Maestro dei Palazzi Apostolici, in cui gli si annunciava la condanna delle sue due opere. Rosmini rispose immediatamente sottomettendosi alla condanna: "Coi sentimenti pertanto del figliolo più devoto ed obbediente alla santa Sede, quale per grazia di Dio, sono sempre stato di cuore e me ne sono anche pubblicamente professato, io le dichiaro di sottomettermi alla proibizione delle nominate operette puramente, semplicemente e in ogni miglior modo possibile, pregandola di assicurare di ciò il Santissimo N. Padre e la S. Congregazione".
Don Gianni Picenardi
Antonio Rosmini, Le cinque piaghe della Santa Chiesa, Edizioni Rosminiane Stresa, 2012