L'origine del santuario si può collocare fra la fine del V e l'inizio del VI secolo. E' il "liber de apparitione sancti Michaelis in Monte Gargano" redatto nell'VIII secolo che narra i fatti miracolosi che diedero origine al culto dell'Arcangelo Michele sul Gargano.
Quattro sono le apparizioni testimoniate nei secoli, di cui tre scritte nell'antico testo.
La prima risale al 490 ed è detta "episodio del toro": un ricco signore di Siponto faceva pascolare i suoi armenti sul monte, quando il toro più bello improvvisamente sparì. Dopo lunghe ricerche l'animale venne ritrovato inginocchiato davanti all'ingresso della grotta. Colto dall'ira il signore scoccò una feccia verso il toro ribelle, ma questi deviò e tornando indietro colpì a un piede il signore. Il Vescovo ascoltato questo racconto ordinò tre giorni di preghiera e al termine ebbe l'apparizione dell'Arcangelo che gli chiese di dedicare al culto cristiano quella grotta che Lui aveva scelto e custodiva. Il Vescovo esitò.
Nel secondo episodio detto "della Vittoria" si narra che nel 492 la città di Siponto fosse assediata. Il Vescovo ottenne tre giorni di tregua e raccoltosi in preghiera chiese aiuto all'Arcangelo che puntuale, allo scadere del terzo giorno, apparve preannunciando la vittoria. I Sipontini ripresero la battaglia con straordinario vigore sconfiggendo i nemici. Secondo gli storici questo episodio è invece da riferirsi all'8 maggio del 662 o 663.
La terza apparizione viene detta "episodio della Dedicazione". Il Vescovo di Siponto ormai si affidava totalmente all'Arcangelo e in segno di riconoscenza voleva andare a consacrare la Grotta, ma l'Arcangelo lo avvisò in apparizione di aver già provveduto egli stesso alla consacrazione. Allora il Vescovo salì al monte con altri sette vescovi. Durante la salita vennero riparati dai raggi del sole dal volo prodigioso di alcune aquile. Non solo, giungendo alla Grotta trovarono un rozzo altare edificato, coperto da un pallio rosso e sormontato da una Croce e, nella roccia, l'orma del piede del San Michele. Era il 29 settembre 493. Da allora la Grotta è chiamata anche Celeste Basilica.
E infine nel 1656, mentre infuria in tutta Italia la peste, l'Arcivescovo si rivolge a nome della città all'Arcangelo per trovare riparo. All'alba del 22 settembre appare l'Angelo che gli ordina di benedire i sassi della Grotta scolpendo su di essi una croce e le iniziali M.A. (Michele Arcangelo). I sassi distribuiti e conservati devotamente dai fedeli li proteggeranno dalla peste.
Il Santuario sorge a 850 m slm all'incrocio delle strade che conducono a Manfredonia (l'antica Siponto), a San Giovanni Rotondo e alla Foresta Umbra.
Articolo precedentemente pubblicato su Sacra Informa Dicembre 2001 (Anno 9 (8) n. 2 (3))